等俞咨皋抵达京师之后，朱载坖第一时间召见了他，朱载坖向俞咨皋询问其对于水师建设的看法，俞咨皋认为官军水师现在还是相对缺乏训练和实战经验，尤其是炮术训练和舰队编队训练，这都是官军水师所缺乏，要想震慑西夷三国，必须对官军水师痛加整训才行。

俞咨皋很清楚，西洋现在混战不已，水师又是西洋各国最重视的兵种，他们对于水师还是十分之重视的，也具备相当的海战经验，所以朝廷要想用水师震慑住这些西洋人，就需要将水师严加训练，才能够将这些西洋人予以震慑，这点朱载坖还是很清楚的。

所以朱载坖同意了俞咨皋的建议，决定对于水师大加训练，同时家那个北洋、东海、南洋三支远洋水师中的大型舰船极重起来训练，以俞咨皋为水师练兵大臣，总领水师训练一事，毛海峰为水师练兵提督，负责督促水师训练，毛海峰当了半辈子海盗，实战经验还是非常之丰富的，要督促水师训练，同时还要制造改进后的船只，火炮等，装备水师，尤其是要加强水师的炮术和编队作战水平，要能够震慑住西洋，有利于朝廷对于西洋的调停顺利进行。

同时也要严整军容，狠狠的震慑一下西洋，而襄国公李成梁也向朱载坖上疏，详细陈述了自己对于西域作战的看法，在朱载坖先北后南，缓进急战的思想指导下，李成梁认为，由于西域广大，而且多荒漠、戈壁，所以朝廷对于西域的经略，也要有不一样的地方。

对于此战的难点，李成梁认为还是怎么找到和抓住瓦剌人的主力，因为现在在西域对大明构成主要威胁的还是瓦剌部，所以朝廷的主要打击对象应该还是瓦剌，但是经过李成梁对于现在西域蒙古人的情况有了一点了解之后，李成梁认为要多路出击，同时并举，一句夺取天山北路的绿洲和草场，然后在稳定北方之后，在南下。

李成梁要求朝廷集中十五万大军，其中骑兵不少于八万，才能够达成目的，对于李成梁所要求的兵马，朱载坖予以同意了，要求兵部、五军都督府和练兵军务处满足李成梁的要求，相机进剿，由于西域和京师相隔太远，现在直道还没有修通，所以朱载坖认为吴兑为兵部尚书兼经略西域、安西大都护，负责朝廷的经略西域事务，李成梁总领战事，相机战守，吴兑要保障军需，安抚后方，建立大明在西域的统治机构。

同时命令陕西、甘肃、宁夏等布政使司和都司要保障李成梁部的军需，拜李成梁为征西大将军兼安西都护府副都护，朱载坖再给李成梁的密旨当中要求李成梁要主动抓住机会，自行决定战守之策，事后向朱载坖奏报即可，同时对于蒙古诸部要加以笼络，该招抚的也要予以招抚，真正要防范的是色目人，对于所谓的色目人、维吾尔人，敢有反抗的，要予以严厉镇压，绝不手软。

同时朱载坖在给吴兑的上谕中明确要求吴兑，复汉唐往昔之土，振国威于西极，要将西域的很多地名改为当年汉唐时的地名，以宣示大明对于西域的主权。

除了此事之外，对于大明现在的各项改革措施，朱载坖也是极为重视的，最重要的自然是税务总署的改革和工商赋税的征收了，朱载坖原本打算认为沈季文为提督税务总署，但是他的品级和资历实在是太低了，在首辅张四维的推荐之下，朱载坖升南京户部左侍郎赵世卿为户部尚书提督税务总署，沈季文升户部右侍郎协理税务总署，将朝廷的赋税征收予以正规化。

朱载坖对于此事还是十分重视的，毕竟关系到朝廷的赋税，朱载坖不仅亲自召见赵世卿、沈季文，面授机宜，要他们执行上意，同时要地方府县各自编列自己的预算，送户部审核之后予以施行，朱载坖特别指令户部尚书梁梦龙和总督仓场杨俊民，要严格审核地方的预算，尤其是这些赋税多的州府，不得浪费朝廷的国帑，尤其是苏松、广州、杭州等府县的预算，要严格予以控制，保证朝廷